层析硅胶的分离原理是根据硅胶的不同吸附能力来分离物质。一般来说,极性较大的物质容易被硅胶吸附,极性较弱的物质不容易被硅胶吸附。整个色谱过程是吸附、解吸、再吸收和再吸收的过程。试剂柱色谱硅胶是一种具有固体特性的胶体体系,由具有凝集结构的胶体颗粒组成。胶体颗粒是硅胶(聚硅酸)在水合状态下的缩聚物,是无定形的。胶体颗粒聚集的间隙在硅胶颗粒内部形成微孔结构。因此,它是一种具有丰富微孔结构、高比表面积、高纯度和高活性的高质量吸附材料。
层析硅胶的微观结构与普通硅胶没有什么不同。形成胶体框架的二氧化硅是二氧化硅和氧的四面体组合,原子间的力场处于平衡状态。如前所述,硅胶具有非常高的比表面积。硅胶颗粒内部孔隙的表面结构不同于骨架的内部结构。表面上的硅原子和胶体中包含的结构水形成硅烷醇基。也就是说,这种结构的不平衡使硅胶表面产生一个自由力场,即它具有吸附水分子或其他极性分子的能力,而被吸附的物质是由于分子极性,胶体颗粒表面的吸附力随强度而变化。因此,硅胶对不同物质的混合物的吸附是有选择性的。